会议研究确定项目重点选择植物病理、农业昆虫、杂草科学、农田鼠害、生物防治、绿色农药创制与应用、转基因生物安全（产业化试点）、农业外来生物入侵、监测预警等9个分支学科为专题展开学科发展研究，力争通过不同选题角度阐述学科领域最新研究成果、学术动态和发展趋势。
会议研究确定中国工程院院士、中国农业科学院院长吴孔明担任项目首席科学家，中国工程院院士、学会副理事长、贵州大学校长宋宝安，中国工程院院士、学会副理事长、西北农林科技大学教授康振生，中国工程院院士、学会副理事长、湖南省农业科学院党委书记柏连阳和学会名誉理事长、中国农业科学院植物保护研究所研究员陈万权为项目咨询专家。
会议组建完成项目编写组、学术秘书组，初步确定了项目编写大纲、任务分工，希望各牵头专家尽早启动，广泛开展调查研究和学术研讨，按时报送各分支学科编写大纲和相关材料。会议要求对本分支学科近年来的发展现状进行梳理和分析，总结研究热点与重要进展，比较国内外学科发展状况，预测未来5年的发展趋势，提出我国在本分支学科领域的发展策略建议。学科发展研究应注重传承与创新相结合，既要体现延续性，又要保证时效性。会议提出了重要节点要求，还就项目实施过程中可能出现的问题开展了讨论。
为了推动学科发展和科技自主创新，中国科协从2002年开始组织编制年度《学科发展蓝皮书》。自2006年起，中国科协将《学科发展蓝皮书》编制工作进一步拓展为学科发展进展研究及发布活动，中国植物保护学会组织撰写了《2007-2008植物保护学学科进展报告》《2010-2011植物保护学学科进展报告》《2012-2013植物保护学学科进展报告》《2016-2017植物保护学学科进展报告》，展示了植物保护学学科的研究动态和前沿性成果，其主要成果被植物保护学界诸多部门、单位、学者所引用。
